1992 թ. սեպտեմբերին Վազգեն Մանուկյանը նշանակվել է ՀՀ պետնախարարի, այնուհետև պաշտպանության նախարարի պաշտոնակատար` միաժամանակ ղեկավարելով ՀՀ ռազմարդյունաբերական համալիրը: Այդ ժամանակաշրջանում վերջնականորեն ձևավորվում է ՀՀ կանոնավոր բանակը, բազմաթիվ պարտություններից հետո սկսվում է Ղարաբաղի բանակի փայլուն հաղթանակների շրջանը, ռազմական գործողությունները փոխարինվում են քաղաքական բանակցություններով:
Կապանի օպերացիա
1992 թ․ աշնան և ձմռան ամիսներին երկրի սահմաններին իրավիճակն օրհասական էր։ Շահումյանն ու Մարտակերտը թշնամու ձեռքում էին, Կիչանը և ըստ այդմ՝ Ստեփանակերտն ու ամբողջ Ղարաբաղը՝ մշտական սպառնալիքի տակ էին։ Լաչինի միջանցքով երթևեկելը խիստ վտանգավոր էր, երբեմն՝ անհնար։ Հակառակորդը տարբեր զինատեսակներից գնդակոծում էր նաև Կապանի շրջանի հայկական գյուղերը՝ վտանգի տակ պահելով Կապան-Գորիս ավտոմայրուղին։
1992 թ. ապրիլի 24-ից սահմանային ընդհարումները վերաճում են լուրջ մարտական գործողությունների։ Զանգվածաբար հրետակոծվում էին Կապան քաղաքն ու սահմանամերձ բնակավայրերը։
Որոշում է կայացվում միջոցներ ձեռնարկել՝ վերացնելու հակառակորդի առավել վտանգավոր հենակետերը։ ՀՀ ԶՈՒ գլխավոր շտաբի պետ գեներալ-լեյտենանտ Հրաչյա Անդրեասյանը մշակում է պլանը, օպերացիայի ղեկավար է նշանակվում Յուրի Խաչատուրովը։
Դեկտեմբերի 10-ի վաղ առավոտյան գործողությունը սկսվում է։ Մի քանի ժամ տևած մարտերից հետո հայկական կողմին հաջողվում է լիակատար պարտության մատնել թշնամուն և փոխել պատերազմի ելքը։
Քարվաճառի օպերացիա
Քարվաճառի շրջանում տեղակայված ադրբեջանական ռազմական հենակետի ոչնչացման, բռնազավթված բնակավայրերի ազատագրման և ադրբեջանական բանակի լաչին-քելբաջարյան խմբավորման ջախջախման գործողությունը տեղի է ունեցել 1993 թ․ մարտի 27-ից ապրիլի 2-ը։ Դա նույնպես Վազգեն Մանուկյանի պաշտոնավարման օրոք էր և նրա անմիջական ղեկավարությամբ։
Քարվաճառն իր դիրքով չափազանց կարևոր էր: Քարվաճառից էր հրետակոծվում Մարտակերտը, Քարվաճառում տեղակայված թշնամու զինուժը մեծ վտանգ էր Շահումյանի պարտիզանական ջոկատների համար համալրում հասցնող ինքնաթիռներին: Քարվաճառի ազատագրումը մեկ ուղղությամբ իրականացնել հնարավոր չէր. այն իրագործվում է երեք ուղղություններով միաժամանակյա հարձակմամբ:
Կապանի և Քարվաճառի օպերացիաների մասին Վազգեն Մանուկյանը տեղյակ չի պահել այդ ժամանակվա նախագահ Լևոն Տեր-Պետրոսյանին, քանի որ վերջինս դեմ էր նմանգործողություններին՝ համարելով միջազգային հանրության կողմից ոչ ընդունելի։
Մարտակերտի ազատագրում
Պաշտպանության նախարար դառնալուց հետո Վազգեն Մանուկյանը հավատարիմ մնաց իր երդմանը: Քարվաճառի օպերացիայից անմիջապես հետո սկսվեցին Մարտակերտի ազատագրման նախապատրաստական աշխատանքները: Շատ կարճ ժամանակում վերախմբավորեցին ուժերն ու միջոցները: 1993 թ․ամռան սկզբին սկսվեցին գործողությունները: Հայկական ուժերը մարտնչում էին կարելի է ասել, ողջ հյուսիսային ճակատով, և հունիսի 26-ին նրանց հաջողվում է գրավել «Հեռուստաաշտարակ» և «Պուշկեն յալ» կոչվող բարձունքները: Երբ Պն նախարար Վազգեն Մանուկյանը զեկուցում է բարձունքները գրավելու մասին նախագահ Տեր-Պետրոսյանին, վերջինս հետաքրքրվում է, թե դա ինչ է նշանակում: Վազգեն Մանուկյանը բացատրում է, որ գիշերը հետախուզությունը կմտնի Մարտակերտ, իսկ առավոտյան արդեն զորքը կմտնի քաղաք, ու վաղը Մարտակերտը կրկին մերը կլինի: Ամեն ինչ կատարվեց ըստ պլանի, և հունիսի 27-ին ազատագրվեց Մարտակերտը: Հայկական կողմն անցավ գերիշխող բարձունքների և հիմնական ճանապարհային ուղղությունների պաշտպանությանը:
Թշնամին այլևս հաղթանակի որևէ շանս չուներ, և դա գիտակցում էին բոլորը:
1993 թ. մայիսի 28-ին գրեթե ավարտված էր Հայաստանի կանոնավոր բանակի ձևավորումը, որի բաղկացուցիչ մասն էր Արցախի բանակը։ Գրավված էր Քելբաջարը, վերադարձված էր Մարտակերտը, ջարդվել էր Ադրբեջանի բանակի ողնաշարը, և շարունակվում էր սկսված հաղթանակների շարքը։ Համաժողովրդական մեծ ոգևորության ալիք էր առաջացել, և այդ ժամանակ տեղի ունեցավ առաջին զորահանդեսը, որն ընդունում էր պաշտպանության նախարար Վազգեն Մանուկյանը։
1993 թ. օգոստոսին Վազգեն Մանուկյանն ազատվում է պաշտպանության նախարարի պաշտոնից՝ մեկ տարվա պաշտոնավարման ընթացքում էական դերակատարում ունենալով Արցախյան պատերազմի հաղթանակի նվաճման գործում։
