В сентябре 1992 г. Вазген Манукян был назначен госминистром, затем – и.о. министра обороны, одновременно возглавляя промышленный комплекс РА.
В этот период была окончательно сформирована регулярная Армия РА, после многочисленных неудач началась серия блистательных побед Армии Карабаха (Сил Самообороны), боевые действия сменились политическими переговорами.
Капанская операция
Ситуация на границах страны осенью-зимой 1992 года была катастрофической. Шаумян и Мартакерт находились в руках врага, Кичан и, следовательно, Степанакерт и весь Карабах – под постоянной угрозой. Передвижение по Лачинскому коридору было крайне опасно, а порой и невозможно. Из различных видов оружия враг обстреливал также армянские села Капанского района, что создавало опасность для автомагистрали Капан-Горис.
С 24 апреля 1992 года приграничные столкновения переросли в серьезные боевые действия. Массированным обстрелам подвергались город Капан и приграничные населенные пункты.
Было принято решение предпринять меры для обезвреживания наиболее опасных огневых точек противника. Начальник Генштаба ВС Армении генерал-лейтенант Грачья Андриасян разработал план, руководить операцией было поручено Юрию Хачатурову.
Операция началась рано утром 10 декабря. После продлившихся несколько часов боев противник потерпел полное поражение, что изменило ход военных действий.
Автором операции был министр обороны ВазгенМанукян.
Карвачарская операция
Операция по уничтожению расположенной в Карвачарском районе азербайджанской военной огневой точки, освобождению захваченных населенных пунктов и разгрому лачин-кельбаджарской группировки азербайджанской армии была проведена 27 марта — 2 апреля 1993г. Это также произошло в период пребывания ВазгенаМанукяна в должности министра и под его непосредственным руководством.
Карвачар был чрезвычайно важен в силу своего расположения. Отсюда обстреливался Мартакерт, а дислоцированные в Карвачаре воинские подразделения представляли большую опасность для самолетов, обеспечивавших подкрепление партизанским отрядам Шаумяна. Освободить Карвачар, действуя только на одном направлении, было невозможно, и операция была осуществлена одновременным нападением с трех направлений.
Об операциях в Капане и Карвачаре Вазген Манукян не поставил в известность тогдашнего президента Армении Левона Тер-Петросяна: последний был против подобных действий, считая их неприемлемыми для международного сообщества.
Освобождение Мартакерта
Став министром обороны РА, Вазген Манукян остался верен своей клятве, и сразу же после операции «Карвачар», начались подготовительные работы по освобождению Мартакерта. За очень короткий период перегруппировались все имеющиеся силы и ресурсы. Началом действий было лето 1993 года. Армянские военные силы боролись почти по всему северному фронту, и 26 ого июня им удалось захватить высоты «Телебашня» и «Пушкен ял». Когда министр обороны Вазген Манукян сообщает об этой новости президенту Левону Тер-Петросяну, тот интересуется, что это значит. Вазген Манукян же объясняет: «это значит, что ночью разведка войдёт в Мартакерт… а уже утром и войска будут там, и завтра Мартакерт снова будет нашим». Всё так и произошло. 27 ого июня город был освобождён. Армянские войска перешли к защите стратегических высот и путей сообщения. У врага не было никаких шансов, и это было понятно всем!
28 мая 1993 года было практически завершено формирование регулярной Армянской армии, составной частью которой стала армия Карабаха. Был освобожден Кельбаджар, возвращен Мартакерт. Хребет азербайджанской армии был сломан, серия побед продолжалась. Всеобщее воодушевление охватило народ. В Ереване был проведен первый военный парад, который принимал министр обороны того времени Вазген Манукян.
В августе 1993 года Вазген Манукян был освобожден от должности министра обороны, сумев за год руководства ведомством сыграть существенную роль в истории победнойАрцахской войны.
